Kartografija je eno izmed temeljnih področij delovanja inštituta že od ustanovitve leta 1953. V šestdesetih letih je bilo storjenih več pomembnih korakov na področju civilne kartografije v takratni Jugoslaviji – uvedene so bile sodobne metode izdelave kart za najširši krog uporabnikov in izdelana je bila prva avtokarta takratne Jugoslavije. Izdelane so bile prve planinske in mestne karte, ki so odprle novo področje turistične kartografije.
Leta 1983 smo začeli z uvajanjem avtomatizirane, računalniško podprte kartografije, ko smo objavili prvi tematski računalniški atlas v tedanji Jugoslaviji (za občino Sežana). Leta 1988 smo naredili prvi mestni 3D-model v Jugoslaviji (Cavtat). Po osamosvojitvi smo vodili ali sodelovali pri vseh temeljnih civilnih in vojaških kartografskih projektih na ravni države – od zasnove državnega topografsko-kartografskega sistema, izdelave državne topografske karte v merilu 1 : 50 000, do zasnove in vzpostavitve topografskih in kartografskih zbirk podatkov. Sodelujemo v Komisiji za standardizaciji zemljepisnih imen pri Vladi RS. Izdelujemo tudi taktilne karte za slepo in slabovidno populacijo, kjer smo pridobili patent in več nagrad.
Naši kartografi vseskozi sodelujejo v procesu izobraževanja geodetov pri študiju geodezije na FGG. S pridobivanjem novih znanj odpiramo nova področja na področju GIS analiz, prostorskih dinamičnih modelov, digitalnega modeliranja terena, spletne in mobilne kartografije, e-gradiv in digitalnih geoknjižnic.
Smo tudi nosilci več domačih in mednarodnih nagrad in priznanj. Najpomembnejša so tri prva mesta na mednarodnih kartografskih razstavah ICA (International Cartographic Association - Mednarodno kartografsko združenje), ki so bila dosežena za tri različne kategorije kart: najboljši mestni načrt na svetu (Ottawa, 1999), najboljša taktilna karta za slepe na svetu (Durban, 2003) in najboljša topografska karta na svetu (Pariz, 2011).
Za Geodetsko upravo Republike Slovenije in nekatera ministrstva na Geodetskem inštitutu Slovenije že več kot 30 let snujemo, vzpostavljamo in vzdržujemo vse karte, ki so del državnega topografsko-kartografskega sistema. Tudi karte, ki izhajajo in mednarodnih obvez Republike Slovenije in so v pristojnosti posameznih ministrstev, nastajajo in jih vzdržujemo na Geodetskem inštitutu Slovenije.